Bratislava má dvojúrovňový systém samosprávy, ktorý sa nevyhol ani dopravným cyklotrasám. Tie preto nemajú jedného pána, ale až 18-tich – samotné mesto i 17 mestských častí. Základnú sieť (hlavné trasy delené na okruhy a radiály) má na starosti magistrát a túto základnú sieť má v jednotlivých mestských častiach rozširovať miestna samospráva vedľajšími trasami (inak nazývanými aj spojkami). Okrem toho môžu existovať aj doplnkové trasy, ktoré si budujú firmy a organizácie ako napojenie svojich objektov.

Okruhy Priečne spájajú radiály. Majú priradené číslo O1-O10 a zelenú farbu. Prvý (historický) okruh O1 vedie okolo historického centra mesta a tvorí východisko najdôležitejších radiál. Viac o okruhoch

Radiály Spájajú centrum s mestkými časťami. Vedené sú najpriamejšiou, no zároveň bezpečnou a plynulou trasou. Najvýznamnejšie radiály začínajúce na 1. okruhu sú značené ako R11 - R19, ďalšie vyššími číslami od R21 v závislosti od vzdialenosti od centra. Majú pridelenú modrú farbu. Viac o radiálach

Spojky Vedľajšie trasy, ktoré zahusťujú sieť okruhov a radiál. Číslovanie závisí od blízkeho okruhu a radiály, majú pridelenú žltú farbu. Viac o spojkách

Aktuálna celomestská koncepcia cyklotrás vznikla na pôde Komisie pre cyklistickú a pešiu dopravu. Prerokovaná bola mestským zastupiteľstvom dňa 25.9.2014 ako bod 58 Zásady rozvoja cyklistickej a pešej dopravy, v rámci ktorého poslanci uznesením č.1743/2014 schválili aj Návrh hlavných cyklistických komunikácií v Bratislave. Tento návrh aktualizoval pôvodný, štvrťstoročia starý dokument. Uvedený Návrh bol východiskom aj pre cyklotrasy v územnom genereli dopravy.

Zo 17-ich mestských častí majú spracovaný koncepčný materiál len dve: Petržalka z roku 2014 a Nové Mesto aktualizovanú v roku 2018.