Vedľajšie trasy majú dopĺňať kostru mestských hlavných cyklotrás. Za ich prípravu a výstavbu zodpovedajú jednotlivé mestské časti. V súčasnosti má zo 17-tich mestských častí akú-takú sieť vedľajších cyklotrás len Petržalka a niekoľko trás je vyznačených aj v Ružinove.